Mutations du coronavirus: voici tout ce que l’on sait sur les principales variantes

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Les virus sont en constante mutation. C’est donc tout sauf une surprise que l’on soit maintenant confronté à des variantes du SARS-CoV-2. L’immense majorité de celles-ci ne posent pas de problème. Mais certaines mutations inquiètent davantage les experts.

Variantes britannique, sud-africaine et maintenant japonaise. Difficile de s’y retrouver. Chaque jour réserve son lot de surprises et de nouvelles mutations. Selon les tout derniers rapports, il existerait même désormais une autre variante du SARS-CoV-2 aux États-Unis.

Selon le généticien français Axel Kahn, les mutations du nouveau coronavirus se comptent en ‘centaines de milliers’. Le virologue belge Marc Van Ranst rappelle, lui, qu’il ne s’agit pas d’une surprise: ‘Les virus changent un peu chaque jour. Normalement, cela a peu d’influence, mais parfois c’est le cas. Lorsqu’ils changent, ils deviennent plus contagieux que pathogènes. Ce n’est jamais un but en soi pour le virus de devenir léthal’, déclarait-il à la VRT il y a quelques jours.

Il n’en reste pas moins qu’un virus plus contagieux peut faire autant voire plus de dégâts dans le temps. Il n’y a qu’à voir ce qui se passe actuellement au Royaume-Uni et en Irlande, deux pays confrontés à une variante très contagieuse.

La variante britannique

La mutation a été signalée pour la première fois à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) le 14 décembre 2020. Cette variante porte le nom ‘VOC 202012/01’. Le nom fait référence à la ‘variante concernée, année 2020, mois 12, variante 01’.

Les médecins ont ensuite identifié la première infection. Chez un patient situé dans le sud-est de l’Angleterre. Entretemps, de nombreuses infections ont été diagnostiquées à Londres. Les premières analyses suggèrent que la nouvelle souche du virus est jusqu’à 70% plus contagieuse.

Peu de temps après l’annonce de cette nouvelle variante, plusieurs pays, dont la Belgique, ont imposé des restrictions temporaires aux personnes voyageant à destination et en provenance du Royaume-Uni, c’était en décembre dernier. Ces restrictions ont été levées même si notre pays considère toujours le Royaume-Uni comme une zone rouge. Cela signifie, entre autres, que vous devez vous mettre en quarantaine si vous y avez séjourné pendant plus de 48 heures. Cette quarantaine ne peut être interrompue qu’après un test PCR négatif le 7e jour de la quarantaine.

De son côté, le Royaume-Uni a entamé un troisième confinement strict. Malgré le début des campagnes de vaccination, le nombre d’infections dans le pays a atteint des records, avec 60.000 cas quotidiens. Les hôpitaux sont surchargés et font face à une pénurie d’oxygène.

La question que se posent les autorités de nombreux pays est de savoir s’il faut couper les ponts avec les Britanniques. Comme dans le cas italien lors de la première vague, assiste-t-on aux prémisses de ce qui pourrait se dérouler sur tout le continent? Trop tard, affirment certains experts, la nouvelle variante a déjà été repérée dans de nombreux pays d’Europe. Plus précisément ‘dans 50 pays’, affirme ce mercredi l’OMS.

Pour le microbiologiste Emmanuel André, ‘les voyages internationaux et les différences profondes entre les pays européens en ce qui concerne la prévention, la surveillance et le contrôle des nouveaux variants mettent l’ensemble des pays européens dans les starting-blocks d’une troisième vague épidémique.’

Pfizer a toutefois rassuré en annonçant que son vaccin était efficace contre cette variante du coronavirus. Les laboratoires rappellent aussi régulièrement qu’il ne faudrait pas longtemps pour éventuellement ajuster un vaccin. ‘6 semaines’, précisait Ugur Sahin, le directeur de BioNTech.

La variante sud-africaine

L’Afrique du Sud a annoncé le 18 décembre, quelques jours après la découverte de la variante britannique, qu’une nouvelle souche du virus se propageait rapidement dans 3 régions: le Cap-Oriental, le Cap-Occidental et le KwaZulu-Natal. La mutation est désormais la variante la plus dominante du pays. Elle est nommée ‘501Y.V2’. C’est le nom de la mutation qui a également été trouvée dans la souche de la variante britannique.

La variante présente donc quelques similitudes avec celle du Royaume-Uni. Par exemple, la mutation sud-africaine est également plus contagieuse. Mais on craignait ici que le virus puisse être résistant aux vaccins. Cependant, BioNTech/Pfizer s’attendent à ce que leur vaccin fonctionne malgré tout.

La variante du vison danois

Le Danemark a dû faire face à une variante du virus transmise chez le vison, dès l’été 2020. Elle a été découverte dans le nord du Jutland. En juin, 214 cas humains du virus ont été identifiés dans le pays avec des variantes associées au vison d’élevage. Douze de ces cas ont été identifiés comme une variante unique qui a été signalée à l’OMS le 5 novembre.

‘La variante du vison est constituée de mutations non observées auparavant’, annonçait l’OMS l’année dernière. ‘Celles-ci pourraient conduire à une neutralisation amoindrie du virus chez l’homme, réduisant potentiellement la durée de la protection immunitaire après une infection naturelle ou une vaccination.’ Des études sont toujours en cours pour déterminer l’efficacité du traitement pour les personnes infectées par le vison. Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) et l’OMS, cette variante n’est toutefois pas plus contagieuse. Néanmoins, le Danemark a tué plus de 17 millions de visons d’élevage pour éviter de nouvelles infections.

Certains experts affirment même aujourd’hui que le pangolin aurait été accusé à tort et que le vison serait à l’origine du virus.

La variante chinoise

Avant même que le virus ne fasse de nombreuses victimes à travers le monde, l’OMS avait déjà remarqué une première variante du virus fin janvier 2020. Cette variante a été nommée D614G.

Quelques mois plus tard, cette variante est devenue la souche dominante du virus que nous connaissons aujourd’hui. ‘En quelques mois à peine, cette variante a remplacé le virus SARS-CoV-2 original découvert en Chine’, a déclaré l’OMS.

Des études montrent que cette variante précoce du virus est plus contagieuse que la souche d’origine. ‘La variante D614G ne rend pas les gens plus malades et n’est pas mieux armée contre les vaccins et autres mesures qui sont prises pour contenir la pandémie’, estiment les scientifiques.

La variante japonaise

Le ministère japonais de la Santé a récemment découvert une autre variante du virus. Elle provenait de quatre personnes revenant d’un voyage au Brésil. Selon l’Institut national des maladies infectieuses (NIID) au Japon, il n’y a actuellement aucune preuve que la nouvelle variante soit plus contagieuse. Mais il y aurait des similitudes avec la variante du Royaume-Uni et d’Afrique du Sud.