Le problème du variant Omicron, des tests PCR et des tests rapides antigéniques

La forme originale du SRAS-CoV-2 était un peu « lente ». Une fois que le virus s’infiltrait dans notre corps, il fallait cinq à six jours avant que les symptômes ne se manifestent. Les nouveaux variants ont accéléré ce délai, à chaque fois. La période d’incubation était d’environ cinq jours pour Alpha et quatre jours pour Delta. Le dernier variant en date, Omicron, a réduit ce nombre – du moins selon les premières données – à trois seulement. Et c’est une mauvaise nouvelle pour l’efficacité des tests dont nous disposons pour détecter le coronavirus.

On suppose que la réduction de la période d’incubation joue un rôle important dans la propagation des variants du coronavirus : selon toute vraisemblance, plus la période d’incubation est courte, plus vite une personne devient infectieuse – et plus vite une épidémie se propage. Tous les épidémiologistes s’accordent à dire qu’une période d’incubation plus courte rend un virus beaucoup, beaucoup, beaucoup plus difficile à contrôler.

Nous n’en sommes qu’à quelques semaines de notre combat contre Omicron, et il n’est pas facile de recueillir des données sur les périodes d’incubation, qui peuvent varier d’une population à l’autre. Il est également difficile de savoir exactement comment le virus interagit avec nos cellules. Mais les premiers signaux d’alerte sont là. Et ce qu’ils nous montrent, c’est le besoin urgent de tests permettant de localiser Omicron de manière rapide et fiable.

Nous sommes mal préparés à l’arrivée de la vague Omicron, non seulement parce qu’il s’agit d’une nouvelle version du coronavirus, mais aussi parce qu’elle est prête à exploiter l’une des plus grandes vulnérabilités de notre boîte à outils de prévention des infections. Le coronavirus devient plus rapide, ce qui signifie qu’il est aussi plus difficile à attraper.

Ce que nous avons appris de la fête à Oslo

Depuis que l’Organisation mondiale de la santé a désigné Omicron comme variant « préoccupant », il semble apparaître un peu partout. Les chercheurs retrouvent sa trace dans les écoles, les crèches, les hôtels, les universités, les mariages et les bars. Et ils le trouvent dans les fêtes d’entreprise, comme celle qui s’est déroulée dans un restaurant d’Oslo, en Norvège, où environ 80 personnes ont contracté ou transmis l’Omicron.

Dans un document de recherche décrivant ce cas à Oslo, les scientifiques ont noté que les symptômes semblaient apparaître rapidement après l’événement – généralement dans les trois jours. Plus inquiétant encore, presque toutes les personnes infectées par Omicron avaient reçu un résultat négatif issu d’un test antigénique au cours des deux jours précédant la fête. Une indication que le microbe a pu se multiplier si rapidement que les résultats des tests rapides ont été rapidement dépassés.

Les chronologies décrites par les chercheurs norvégiens sont préliminaires et peuvent ne pas être représentatives du reste d’entre nous. Mais cela semble cohérent vis-à-vis des premiers rapports, y compris certains provenant d’Afrique du Sud, l’un des premiers pays à avoir découvert et signalé l’existence d’Omicron. Des périodes d’incubation plus courtes entraînent généralement un plus grand nombre d’infections en moins de temps, car les personnes sont infectées plus rapidement, ce qui rend la transmission ultérieure plus difficile à prévenir. Dans de nombreux endroits, les cas d’Omicron doublent tous les deux ou trois jours.

Déterminer correctement la période d’incubation est vraiment difficile. Les chercheurs doivent suivre de grandes épidémies localisées, comme la fête d’entreprise d’Oslo, pour essayer de déterminer qui a infecté qui, attendre que les gens signalent quand ils commencent à se sentir malades – ce qui est toujours inconstant, car les symptômes sont subjectifs – puis, idéalement, vérifier si les personnes nouvellement infectées propagent également le virus. Les chiffres varient en fonction des personnes concernées : les périodes d’incubation du SRAS-CoV-2 peuvent varier en fonction du statut vaccinal, des problèmes de santé sous-jacents, des antécédents d’infection, de l’âge et même de la dose de virus à laquelle les personnes sont infectées. Pour compliquer encore les choses, l’apparition des symptômes est décalée de quelques jours en moyenne par rapport à l’apparition de l’infectivité ; si les symptômes commencent plus tôt, la transmission peut ne pas suivre exactement le même rythme.

Anticorps et cellules T

Si la période d’incubation d’Omicron s’avère être significativement plus courte, nous devons encore en trouver la raison. Une partie de ce problème peut être inhérent au virus lui-même. La protéine Spike d’Omicron présente plus de 30 mutations, dont certaines, basées sur des variants antérieurs, pourraient aider les cellules à s’agripper plus étroitement et à se tortiller plus efficacement à l’intérieur d’elles. Deux études de laboratoire récentes, qui n’ont pas encore été publiées dans des revues scientifiques, pourraient mettre en évidence ces tendances.

Une équipe de l’université de Harvard a montré qu’un virus inoffensif conçu pour reproduire les protéines Spike d’Omicron à sa surface pénétrait plus facilement dans des cellules humaines dans une boîte de Pétri. Une autre étude, réalisée par l’université de Hong Kong, a révélé qu’Omicron se multipliait des dizaines de fois plus vite que Delta dans des tissus prélevés dans les voies respiratoires supérieures. Les résultats ne se traduiront pas nécessairement par ce qui se passe dans des corps réels, mais ils soutiennent l’idée que la vitesse à laquelle Omicron se réplique le rend plus infectieux. Plus vite cela se produit, plus vite le virus peut passer d’une personne à l’autre.

Les personnes non vaccinées restent les plus exposées, mais cette tendance aurait également des conséquences inquiétantes pour les personnes vaccinées et pour celles qui ont déjà été infectées, surtout si elles n’ont pas reçu de dose de rappel. De nombreux anticorps que nous avons collectés contre des versions antérieures du coronavirus ne reconnaissent pas très bien Omicron et ne pourront pas le retenir avant qu’il ne pénètre dans les cellules. Finalement, un système immunitaire entraîné par un vaccin ou une infection finira par rattraper son retard en produisant davantage d’anticorps et en lançant une armée de lymphocytes T capables de supprimer le virus avant qu’il ne provoque une maladie grave. Mais ces défenses mettent quelques jours à se mettre en place et peuvent ne pas arriver à temps pour empêcher les premiers stades de la transmission, qui sont souvent les plus puissants. Autrement dit: plus Omicron sprinte vite, plus il prend de l’avance sur les défenses de l’organisme.

Le problème des tests PCR

Une période d’incubation plus courte signifie également qu’il y a moins de temps pour détecter une infection avant qu’elle ne devienne contagieuse. Avec Omicron, les personnes qui pensent avoir été exposées devront peut-être se tester plus tôt et plus souvent. Et les résultats négatifs qu’elles obtiennent peuvent avoir une durée de validité encore plus courte qu’avec les autres variants. Les tests ne fournissent qu’un instantané du passé, pas une prédiction de l’avenir ; un virus à réplication rapide peut passer d’indétectable à hautement détectable en quelques heures.

Cela pourrait être une mauvaise nouvelle pour les tests PCR, qui ont été la référence pendant la pandémie et sont essentiels pour diagnostiquer les personnes très malades. (Heureusement, la plupart des tests PCR semblent bien détecter Omicron.) Ces tests doivent passés dans un laboratoire avant de pouvoir renvoyer les résultats – un processus qui prend généralement au moins quelques heures, mais qui peut aussi prendre un ou deux jours. Et peut-être même plus longtemps si d’autres tests doivent être effectués. Pendant ce temps, Omicron aura pu sauter depuis longtemps du corps d’une personne à celui d’une autre, puis d’une autre encore. C’est surtout dangereux pour les personnes qui ne présentent aucun symptôme et qui se déplacent en attendant leurs résultats. Plus le virus devient contagieux rapidement, plus la vitesse de test devient importante.

Le problème des tests rapides

Les tests antigéniques rapides à domicile – que l’on peut acheter en pharmacie et maintenant même dans les supermarchés et qui peuvent donner des résultats en 15 minutes environ – pourraient combler certaines lacunes. Leurs résultats auraient également une date d’expiration rapide, mais comme ils sont connus plus rapidement, ils peuvent donner une meilleure représentation de ce qui se passe dans le corps à ce moment-là.

Mais les tests rapides d’antigènes ne sont pas une solution parfaite. Par rapport aux tests PCR, ils sont moins capables de détecter le virus lorsqu’il est présent à des niveaux relativement faibles, ce qui signifie qu’ils peuvent avoir plus de mal à trouver le virus au début de l’infection, ou même ne pas le détecter chez les personnes déjà infectées.

Les gens pourraient se soumettre à des tests répétés pour réduire le risque de louper le virus, mais une telle stratégie devient rapidement impraticable. On ne peut pas demander raisonnablement aux gens de se tester toutes les heures. Selon les experts, les gens ne devraient pas renoncer aux tests ; ils continueront à faire une grande différence quand ils seront utilisés, notamment pour le diagnostic des malades. Mais la vitesse d’Omicron est un rappel brutal de l’inertie de l’humanité pendant cette pandémie. Jusqu’à présent, les tests n’ont fourni qu’un filet de sécurité poreux ; à l’ère d’Omicron, les lacunes de ce filet se sont élargies. Nous devrons combler ces lacunes en prenant davantage de mesures préventives : port de masques, vaccination, ventilation et, malheureusement, réduction des déplacements et de notre vie sociale. Les virus ne se déplacent pas très rapidement par eux-mêmes – ils ont besoin d’hôtes humains pour les transporter. Mais si les choses restent telles qu’elles sont, nous leur offrirons le voyage de leur vie.

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