Les virus – comme tous les êtres vivants – évoluent. Cela nous est apparu très clairement au cours de la pandémie, puisque de nouveaux variants inquiétants du coronavirus SRAS-CoV-2 surviennent tous les trois à quatre mois. Omicron en est le dernier exemple. Cependant, les lois de la biochimie imposent qu’un virus ne peut pas s’améliorer indéfiniment. Autrement dit: Omicron pourrait être le dernier variant inquiétant.

La semaine dernière, nous avons appris une nouvelle qui avait été prédite par de nombreux épidémiologistes. Trois équipes distinctes de scientifiques sur deux continents ont découvert que les infections à Omicron entraînent plus souvent une maladie bénigne que les variants précédents, ce qui permet d’espérer que la vague actuelle ne sera pas aussi catastrophique qu’on le craignait, malgré la montée en flèche du nombre de cas.

Les chercheurs ont examiné l’évolution d’Omicron à travers les populations d’Afrique du Sud, d’Écosse et d’Angleterre. Les résultats, dans chaque contexte, suggéraient que le variant était moins susceptible d’envoyer les gens à l’hôpital. En outre, l’énorme vague de cas en Afrique du Sud a semblé s’apaiser aussi vite qu’elle s’était développée dans les semaines qui ont suivi l’annonce au monde entier de l’identification de ce nouveau variant du coronavirus.

Les virus – comme tous les êtres vivants – évoluent. Cela nous est apparu très clairement au cours de la pandémie, puisque de nouveaux inquiétants sont apparues tous les trois à quatre mois. Omicron en est le dernier exemple.

Le virus ne peut pas s’améliorer indéfiniment

Certains de ces variants étaient plus aptes à se propager d’une personne à l’autre et ont fini par devenir dominants, supplantant les versions plus lentes du SARS-CoV-2, le virus à l’origine du Covid-19. Cette meilleure capacité de propagation est attribuée à des mutations de la protéine spike – les protubérances en forme de champignon à la surface du virus – qui lui permettent de se lier plus fortement aux ACE2. Les ACE2 sont des récepteurs à la surface de nos cellules, comme celles de nos voies respiratoires, auxquels le virus se fixe pour y accéder et commencer à se répliquer. Ces mutations ont rendu le variant Alpha, puis le Delta, dominants dans le monde entier. Et les scientifiques s’attendent à ce que la même chose se produise avec Omicron.

Cependant, le virus ne peut pas s’améliorer indéfiniment. Les lois de la biochimie font que le virus finira par développer une protéine de pointe qui se lie aussi fortement que possible aux ACE2. À ce stade, la capacité du SRAS-CoV-2 à se propager entre les personnes ne s’améliorera plus en raison de la capacité du virus à se fixer à l’extérieur des cellules. D’autres facteurs devront être à l’origine de la propagation du virus, comme la vitesse de réplication du génome, la rapidité avec laquelle le virus peut pénétrer dans la cellule par la protéine TMPRSS2 et la quantité de virus qu’une personne infectée peut excréter. En principe, toutes ces choses devraient évoluer vers des performances maximales.

Omicron a-t-il atteint ce pic de performance ? Il n’y a aucune bonne raison de croire que c’est le cas. Les études dites de « gain de fonction », qui examinent les mutations dont le SARS-CoV-2 a besoin pour se propager plus efficacement, ont identifié de nombreuses mutations qui amélioreraient encore la capacité de la protéine spike à se lier aux cellules humaines – et qu’Omicron ne possède pas. En outre, il est encore possible d’améliorer d’autres aspects du cycle de vie du virus.

Probabilité génétique

Mais supposons un instant qu’Omicron est le variant dont le potentiel de propagation est le plus élevé. Il est possible qu’il ne s’améliorer plus parce qu’il est limité par quelque chose appelé « probabilité génétique ». De la même manière que les zèbres n’ont pas développé d’yeux à l’arrière de leur tête pour éviter les prédateurs, il est probable que le SARS-CoV-2 ne sera pas en mesure de capter les mutations nécessaires pour atteindre son maximum théorique, car ces mutations devraient se produire toutes en même temps, ce qui est tout simplement trop improbable.

Même dans un scénario où Omicron est le variant qui se propage le plus, de nouveaux variants apparaîtront pour cibler le système immunitaire humain. Après une infection par un virus, le système immunitaire s’adapte en produisant des anticorps qui se collent au virus pour le neutraliser, et des lymphocytes T qui détruisent les cellules infectées. Les anticorps sont des morceaux de protéines qui adhèrent à la forme moléculaire spécifique du virus, et les cellules T tueuses reconnaissent également les cellules infectées par leur forme moléculaire. Le SRAS-CoV-2 peut donc échapper au système immunitaire en mutant suffisamment pour que sa forme moléculaire change et échappe à la reconnaissance du système immunitaire.

C’est pourquoi Omicron réussit apparemment si bien à infecter des personnes préalablement immunisées, soit par des vaccins, soit par des infections avec d’autres variants – les mutations qui permettent au pic de se lier plus fortement aux ACE2 réduisent également la capacité des anticorps à se lier au virus et à le neutraliser. Les données de Pfizer suggèrent que les cellules T devraient répondre à Omicron de la même manière qu’aux variants précédents, ce qui est cohérent, par exemple, avec l’observation selon laquelle Omicron a un taux de mortalité plus faible en Afrique du Sud, où la plupart des gens sont immunisés.

Ce qui est important pour l’humanité, c’est que l’exposition passée semble encore protéger contre la maladie grave et la mort, nous donnant apparemment un « compromis » dans lequel le virus peut se multiplier et nous réinfecter, mais où nous ne devenons pas aussi gravement malades que la première fois que nous avons été infectés.

L’avenir du coronavirus

C’est là que réside l’avenir le plus probable de ce virus. Même s’il finit par maximiser ses statistiques, il n’y a aucune raison de penser qu’il ne sera pas contrôlé et éradiqué par le système immunitaire. Les mutations qui améliorent sa capacité à se propager n’augmentent pas significativement la mortalité. Ce « virus maximal » ne ferait alors que muter de manière aléatoire et se modifierait suffisamment au fil du temps pour devenir méconnaissable pour les défenses adaptées du système immunitaire, permettant ainsi des vagues de réinfection.

Nous pourrions alors avoir une saison de Covid chaque hiver de la même manière que nous avons la saison de la grippe maintenant. Les virus de la grippe peuvent également présenter un schéma de mutation similaire au fil du temps, connu sous le nom de « glissement antigénique », ce qui entraîne des réinfections. Les nouveaux virus annuels de la grippe ne sont pas nécessairement meilleurs que ceux de l’année précédente, mais suffisamment différents. La meilleure preuve de cette possibilité pour le SARS-CoV-2 est peut-être le fait que le 229E, un coronavirus qui cause des rhumes, le fait déjà.

Omicron ne sera donc pas la dernier variant, mais il pourrait être la dernier variant préoccupant. Si nous avons de la chance, le SARS-CoV-2 est susceptible de devenir un virus endémique qui mute lentement au fil du temps.

La maladie qu’il provoque a de grandes chances d’être bénigne, car l’exposition passée crée une immunité qui réduit les risques d’hospitalisation et de décès. La plupart des personnes sont infectées pour la première fois dans leur enfance, ce qui peut se produire avant ou après un vaccin, et les réinfections ultérieures seront à peine remarquées.

Seul un petit groupe de scientifiques suivra l’évolution génétique du SRAS-CoV-2 au fil du temps, et les variants inquiétants et la pandémie appartiendront au passé – du moins jusqu’à ce qu’un prochain virus fasse le saut de l’animal à l’homme.